Didacticiel de reconstruction d’arbres phylogénétiques: Ballade sur l’ADN et dessin interactif d’arbres, pas à pas, avec l’environnement didactique ISee PDF

Les méthodes étaient un modèle d’amélioration de la performance et une analyse de la base de données de 336 rejets.


L’environnement didactique ISee permet une initiation aux techniques et algorithmes de la bioinformatique, comme la recherche de régions codantes dans les génomes. Dans ce contexte, un nouveau module destiné à expliquer les principes de la reconstruction algorithmique d’arbres phylogénétiques a été conçu et développé en Java. Un arbre phylogénétique rend compte de l’émergence des espèces au cours du temps et fait ainsi apparaître leur relation de parenté : deux espèces sont d’autant plus proches qu’elles sont apparues à partir d’une espèce ancestrale commune récente. Le nouveau module présente UPGMA, l’une des méthodes de reconstruction d’arbres phylogénétiques à partir de séquences génomiques d’espèces actuelles. Pour expliquer la méthode de reconstruction, le module affiche la matrice des distances entre les espèces, puis la construction de l’arbre, pas à pas, et ce de manière interactive. Le module présente aussi les hypothèses de base sur lesquelles repose la méthode de construction et en démontre les limites, à savoir l’hypothèse de l’horloge moléculaire et l’hypothèse que les séquences sont proches. Pour cela il offre trois interfaces, en libre exploration et expérimentation.

Si vous décidez de passer cette étape et d’utiliser des bulles achetées en magasin, tout le monde sait que pour faire votre propre solution de bulles, vous mélangez le détergent à vaisselle et l’eau, mais voici une recette qui donnera des bulles plus grosses et plus fortes. Un aspect critique de la production de puces à ADN est la conception visant à optimiser l’espace tout en maximisant le nombre de sondes de gènes et de leurs réplicats à repérer. Nous présentons plusieurs composants logiciels, discutons de leur intégration et décrivons certaines de leurs caractéristiques pertinentes pour la visualisation de grands assemblages moléculaires.-}